A novel method for collecting microbiome specimens: proof of concept in normal healthy volunteers | Biora Therapeutics, Inc.
Comparison of results between intestinal fluid specimens and conventional fecal samples showed a distinct separation of microbial diversity, indicating that the RSS is collecting a unique, site-specific sample.
www.bioratherapeutics.com
링크입니다.
해당 자료는
Biora Therapeutics에서 DDW(digestive disease week) 2022에서 발표한 자료입니다.
DDW는 샌디에고에서 개최하며 전세계적으로 소화기 관련 연구자료를 발표하고 공유하는 자리입니다.
Biora사도 센디에고 소재하고 있으니 참석하기가 수월했겠네요.
분석은 BIORA에서 업데이트한 publication을 제 나름대로 이해하기 쉽게끔 재해석하여 올리겟습니다.
1. Introduction
ㅇ 현재 학계에선 장내 미생물에 대한 이해는 접근이 불가능하고 직접적인 샘플링 방법이 없기에 제한적이다.
ㅇ 차선책으로 대변샘플을 이용한 미생물군집 분석이 있는데 이는 상부 호흡기관과 장에서 죽은 유기체가 포함되어 GI 에서 미생물 구성을 정확하게 나타내지 않을 수 있다.
ㅇ Biora에서 연구중인 RSS(Recoverable Sampling System/회수가능한 샘플링 시스템) 캡슐은 캡슐이 GI(위장)관을 통과하는 동안 intestinal fluid(장액/미생물군포함)을 샘플링 및 보존하는 기능과 위장관의 특정위치를 특정하여 샘플링 가능한 기능이 포함되어있다.
2. RSS CAPSULE DIMENSIONS AND MODULES (RSS캡슐 디자인)
ㅇ 캡슐은 길이 31mm, 직경 11.6mm이며 일회용섭취 장치이다. (FIGURE 1.)
ㅇ 캡슐의 외부케이싱은 폴리카보네이트로 만들어졌으며 둥글어서 목넘김이 좋다
ㅇ 위쪽 절반은 샘플링챔버가 있고 아래는 localization(위치파악) 장치와 전원이 포함되어있다.
ㅇ RSS는 GI의 맹장을 포함한 5개의 주요 위치를 파악하는 독점적인 기술이 포함되어있다
ㅇ 지정된 위치에 다다르면 상부 샘플링포트가 열리면서 intestinal fluid(장액)이 샘플링 챔버로 들어간다.
2. METHODS (연구방법)
ㅇ 4명의 건강한 피험자에게서 RSS 캡슐을 사용하여 맹장의 미생물군 샘플링에 대한 타당성 연국를 수행하였다
ㅇ 3명의 피험자들은 몇일의 간격을 두고 2회에 걸쳐서 캡슐을 삼켰다. / 1명은 1개의 캡슐을 삼켰다.
ㅇ 장액은 GI 유기체를 몇주동안 생존가능하게 하기 위해 개발된 독점 방부제 제형이 포함된 흡수패드를 포함하는 샘플링 챔버에서 수집되었다. (FIGURE 2.)
ㅇ 섭취 하고 자연 배출되면 피험자의 대변과 캡슐 모두 회수하여 비교분석하였다.
ㅇ 각 캡슐에서 샘플링된 장액을 추출하고 장액 샘플링은 16S qPCR, 대변은 16S 시퀀싱을 통해 분석되었다.
3. RESULT (결과)
ㅇ모든 RSS 캡슐은 설정된 위치의 장액 표본을 성공적으로 수집했습니다.
ㅇ샘플링된 장액과 대변의 각각의 분석방법(Beta-diversity analysis 등)에 따라 분석한 결과는 다음과같다.
ㅇ 표1은 4개의 장액 샘플링에 대한 분석결과이다.
ㅇ 그래프1은 장액 샘플링표본 4개의 16S qPCR 시퀀싱에 의해 분석된 결과
ㅇ 그래프2는 RSS 캡슐과(파란색점) 대변의 16S(빨간색,주황색) 시퀀싱에 의한 분석 결과
(보시면 그래프1,2 의 점이 분포하고 있는 위치가 비슷한것을 알수있죠. 특정 분석 시퀀스로 대변샘플과 장액샘플의 분석결과가 일치하는것을 확인하였습니다.)
4. Summary (요약)
ㅇ RSS 캡슐은 GI관 내부의 프로그래밍된 위치에서 장액 샘플링이 가능하다
ㅇ 장액표본과 대변샘플을 수집하여 분석결과는 다음과 같다
(1) RSS에 의한 장액 표본의 성공적인 수집
(2) RSS가 지정한 특정 위치에서 샘플을 수집하고 있음을 나타내고있음
5. CONCLUSION (결론)
ㅇ 이 연구는 RSS 캡슐이 장에서 특정 부위 샘플을 성공적으로 수집할 수 있다는 개념증명을 보여주었으며
ㅇ 위장관의 다른 위치에서 채취한 샘플이 대변 샘플과 다를 수 있으며 미생물군집 연구에 대한 통찰력을 제공한다
ㅇ 장내 특정 약물 표적에 대한 더 많은 통찰력을 제공할 수 있는 비침습적, 해부학적, 부위별 수집 방법으로서 미생물군유전체 분야에 잠재적으로 막대한 영향을 미친다.
이로 연구자료 분석은 끝났습니다.
개인적은 생각을 말해보자면 BIORA의 사명 변경 전후, 가지고있던 파이프라인을 일부 정리하였는데 (Avero Diagnostics , Preecludia 등)
RSS는 남겨두었습니다. 이는 꾀나 의미하는 바가 크다고 봅니다.
1. UC환자를 대상으로 RSS캡슐을 이용하여 결장 내 장액 샘플링 및 분석을 통한 정확한 진단
2. 분석된 데이타를 바탕으로한 DDS 표적치료를 통해 정확한 치료 방법 제시
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